โรงเรียนมัธยมศึกษาเทศบาล ๓ “ยุติธรรมวิทยา” ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑ เดือนมิถุนายน พ.ศ. ๒๕๑๑ โดยแยกจากโรงเรียนเทศบาล ๒ “เชิงชุมอนุชนวิทยา" ได้รับอาคารจากศาล มอบให้เทศบาลและได้ดัดแปลง อาคารศาลเป็นห้องเรียน มีนักเรียนตั้งแต่ ป.๕ - ป.๗ จำนวนทั้งหมด 5 ห้องเรียน ขณะนั้นมีนายสันต์ ไชยมาศ เป็นครูใหญ่ มีพื้นที่ทั้งหมดประมาณ ๘.๗ ไร่
ต่อมาปีพุทธศักราช ๒๕๑๔ ได้อาคารเรียน “รัฐอุปภัมภ์๑” มีห้องเรียนจำนวน ๑๐ ห้อง มีจำนวนนักเรียน ๓๕๐ คน มีนายศิริศักดิ์ เซียสกุล เป็นครูใหญ่
พุทธศักราช ๒๕๑๙ เปิดชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ จำนวน ๒ ห้อง มีครูจำนวน ๒๓ คน และ มีนักเรียนจำนวน ๓๘๔ คน
พุทธศักราช ๒๕๒๖ กรมการปกครองได้อนุมัติสร้างอาคารเรียน “รัฐอุปภัมภ์ ๒” ได้รับนักเรียน ชั้นอนุบาลศึกษา ถึงขั้นประถมศึกษาปีที่ ๖
พุทธศักราช ๒๕๑๔ นายศิริศักดิ์ เซียสกุล ดำรง ตำแหน่ง ครูใหญ่ และได้ย้ายไปดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการที่โรงเรียนเทศบาล ๑ เมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๒๙ มีนายธวัช พรหมดี ได้มาดำรงตำแหน่งแทน
พุทธศักราช ๒๕๒๙ นายธวัช พรหมดี ดำรงตำแหน่ง ครูใหญ่ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียน เทศบาล ๔ จึงได้นายวิโรจน์ แก้วคำแจ้ง มาดำรงตำแหน่งแทน
พุทธศักราช ๒๕๓๖ จังหวัดสกลนคร ได้สร้างประติมากรรมหน้าโรงเรียนทำให้มีพื้นที่ของโรงเรียน เหลือเพียง ๕ ไร่
พุทธศักราช ๒๕๓๖ นายวิโรจน์ แก้วคำแจ้ง ดำรง ตำแหน่ง ครูใหญ่ และได้ย้ายไปดำรง ตำแหน่งที่ โรงเรียนเทศบาล ๔ จึงได้ เมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๔๐
พุทธศักราช ๒๕๔๑ นายธวัช พรหมดี ได้กลับมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ที่โรงเรียนเทศบาล ๓ อีกครั้ง และได้ลาออกจากราชการ เมื่อวันที่ ๒ ตุลาคม ๒๕๔๓ เทศบาลมีคำสั่งให้ นายสันติ ศิริขันธ์ มาดำรง ตำแหน่ง ผู้ช่วยอาจารย์ใหญ่รักษาการแทนอาจารย์ใหญ่เรื่อยมา
เมื่อวันที่ ๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ เทศบาลเมืองสกลนคร ได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้ นางวรรณเลิศ อุปพงษ์
ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนเทศบาล ๒ “เชิงชุมอนุชนวิทยา” มาดำรงตำแหน่งรักษาการอาจารย์ใหญ่โรงเรียน เทศบาล ๓ “ยุติธรรมวิทยา” ต่อมาเมื่อวันที่ ๑ พฤศจิกายน ๒๕๔๖ เทศบาลเมืองสกลนครได้แต่งตั้งให้ นางวรรณเลิศ อุปพงษ์ ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนเทศบาล ๓ “ยุติธรรมวิทยา” และได้เปิดทำการสอน ในระดับมัธยมศึกษาตอนต้นเพิ่มขึ้น
วันที่ ๑ เมษายน ๒๕๔๘ เทศบาลเมืองสกลนคร ได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้ นายสันติ ศิริขันธ์ มาดำรง ตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษา และได้ปฏิบัติหน้าที่จนถึงวันที่ ๒ เมษายน ๒๕๕๕
วันที่ ๒ เมษายน ๒๕๕๕ เทศบาลนครสกลนคร ได้ปรับเปลี่ยนการจัดการเรียนการสอนจากเดิม โดยให้โรงเรียนเทศบาล ๓ “ยุติธรรมวิทยา” เปิดทำการสอนและรับสมัครนักเรียนเข้าเรียนในระดับชั้นมัธยมศึกษา ตอนต้น และมัธยมศึกษาตอนปลาย ได้มีการโยกย้ายสับเปลี่ยนครูและบุคลากรทางการศึกษา โดยการนำของ นายชาตรี คำกรฤๅชา ผู้อำนวยการสถานศึกษา และได้เปลี่ยนชื่อจากเดิมเป็น โรงเรียนมัธยมศึกษาเทศบาล ๓ “ยุติธรรมวิทยา”
วันที่ ๑๖ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๖ นายอัครพงศ์ ภูติยา ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการสถานศึกษาดำเนิน การพัฒนาคุณภาพสถานศึกษาและคุณภาพของผู้เรียน ส่งผลให้ได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทาน ในปีการศึกษา ๒๕๖๒ และรางวัลนักเรียนพระราชทาน ในปีการศึกษา ๒๕๖๓ ดำรงตำแหน่งจนถึง วันที่ ๑๔ เมษายน ๒๕๖๓ ได้ย้ายไปรับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเทศบาล ๒ “เชิงชุมอนุชนวิทยา”
ปัจจุบันมีนายวิทยา อำพล ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษา เมื่อวันที่ ๑๕ มิถุนายน ๒๕๖๓ มีรองผู้อำนวยการสถานศึกษา จำนวน ๒ คน พนักงานครูเทศบาล จำนวน ๔๗ คน พนักงานจ้างตามภารกิจ จำนวน ๗ คน พนักงานจ้างทั่วไป จำนวน ๕ คน และครูจ้างสอน จำนวน ๒ คน รวมบุคลากรทั้งสิ้น จำนวน
๖๔ คน